Architektura Kompleks klasztorny wzniesiono jako quasi-obronny zespół, otoczony wałami i murem z basztami. Nie wiadomo dokładnie, kto był projektantem całego założenia. Być może plany sporządził nadworny architekt fundatora, Włoch imieniem Bartholomeo, a realizowali go miejscowi wykonawcy, kierowani przez wiedeńskiego architekta, Jacobusa PochsbergeraP. S. Szlezynger: Konwent oo. pijarów w Podolińcu na Spiszu. Geneza architektury [w:] Kwartalnik Architektury i Urbanistyki t. 54 (2009), z. 1, s. 41-56. Inni autorzy widzą tu pracującego dla Stanisława Lubomirskiego polskiego inżyniera od fortyfikacji, Krzysztofa Mieroszewskiego. Budynki klasztoru, o trzech dwukondygnacyjnych skrzydłach, z masywnymi wieżami w narożach, wraz z centralnie położoną świątynią usytuowano po zewnętrznej stronie ówczesnych murów miejskich Podolińca, na lewym brzegu Popradu, we wschodniej części miasta. Klasztor z kościołem o dwuwieżowej fasadzie, przed którym ustawiono słup z figurą świętego, utworzył zwarty, zamknięty i otoczony własnym murem kompleks z „rajskim ogrodem” oraz drugim dziedzińcem ze studnią, okolonym mniejszymi zabudowaniami. Budynkom od strony Popradu towarzyszył rozległy ogród, także okolony murem, na którym umieszczono zegar słoneczny.