Powrócił do Zawady – rodzinnej miejscowości, w której rozpoczął działalność konspiracyjną, włączając w nią rodzinę i zaufanych mieszkańców wsi.
Jego mieszkanie wkrótce stało się punktem przerzutu polskich oficerów wędrujących za granicę, a także kontaktem krakowskiego Związku Walki Zbrojnej z komórką tej organizacji w Myślenicach.
Przybierając pseudonim „Halniak” zgłosił się do myślenickiej grupy egzekucyjnej, mającej na celu wykonywanie wyroków na szczególnie niebezpiecznych Niemcach, konfidentach i zdrajcach narodu. Współpracował wtedy z Józefem „Trzewikiem” Misiorem. Z powodu swojej działalności, szybko stał się znany gestapo i zaczął być poszukiwany. Ważniejsze wykonane przez Fijałkowskiego wyroki to: zlikwidowanie komendanta Straży Pożarnej w Dobczycach w dniu 5 maja 1943 roku, zlikwidowanie kominiarza Franciszka Bugno oraz likwidacja w grudniu 1943 roku wysokiego niemieckiego oficera SS i gestapo, oficera do zadań specjalnych, adiutanta Heinricha Hammana, przy którym znaleziono cenne dokumenty, m.in. listy Polaków przeznaczonych do aresztowania.
Józef przez pewien czas ukrywał u siebie zbiegów z obozu w Lamsdorf (Łambinowice) – dwóch brytyjskich podoficerów, lotników.