Defekty Cechą wspólną MOF-ów UiO jest występowanie w ich strukturze defektów spowodowanych nieprawidłowym stosunkiem ilości linkerów do klastrów. Zazwyczaj obserwuje się defekty wynikające z obniżonej ilości linkerów. Defekty powodują obniżenie stabilności materiału, co związane jest z zapadaniem się porów. Aby zapobiec powstawaniu dużej ilości defektów w UiO, stosuje się wysoką temperaturę syntezy (najczęściej 120°C). Tego typu warunki są ograniczeniem dla bezpośredniej syntezy MOF-ów UiO zawierających w swojej strukturze wrażliwe chemicznie grupy funkcyjne (tj. grupy aldehydowe).
Zdarza się jednak tak, że defekty w strukturze UiO dają także możliwość ciekawego wykorzystania tych MOF-ów. Przykładowo możliwa jest katalityczna aktywność niewysyconych koordynacyjnie klastrów.
Post-syntetyczna modyfikacja
MOF-y UiO mogą być post-syntetycznie modyfikowane w szerokim zakresie. W roku 2012 ukazała się praca opisująca wymianę jonów Zr4+ budujących klastry w UiO-66 na jony Ti4+ i Hf4+, które wykazują podobne do Zr4+ preferencje koordynacyjne.