Od 1978 roku mieszka w Niemczech, gdzie do 1994 pracuje w Radiu Wolna Europa i regularnie koncertuje – głównie na terenie Niemiec i Skandynawii oraz w Kalifornii (San Diego). W 2006 roku ponownie zamieszkał w Polsce skupiając się wyłącznie na wykonywaniu zawodu muzyka i na koncertowaniu.
W roku 2007 występował z Krzysztofem Pendereckim w Niemczech, biorąc udział w jego koncercie fortepianowym Zmartwychwstanie. Razem z Andrzejem Zielińskim stworzył duet, który nagrał podwójny album pt. Skaldowie na dwa fortepiany – live, który w 2008 roku ukazał się nakładem Polskiego Radia.
W 2009 roku, przy udziale polskich placówek dyplomatycznych pianista zainaugurował w Turkmenistanie i Azerbejdżanie obchody Roku Chopinowskiego. Zagrał wówczas kilka recitali, przeprowadził lokalne konkursy chopinowskie i warsztaty dla młodych pianistów.
Ciekawostki Stanisław Deja pracował jako spiker w Radiu Wolna Europa i to właśnie on jako pierwszy zakomunikował w tamtejszym studiu radiowym o ogłoszeniu stanu wojennego w Polsce.