Na jakość uzyskanej monowarstwy wpływa stężenie roztworu immobilizującego, czas osadzania, rodzaj związku siarki, temperatura oraz czystość powierzchni.
Ze względu na swoją długość, zmodyfikowane cząsteczki DNA oddziałują z powierzchnią złotą także w sposób niespecyficzny. Aby zapobiec takiej sytuacji, stosuje się związki, które wypełniają wolne przestrzenie pomiędzy łańcuchami kwasów nukleinowych. Najczęściej stosowanym odczynnikiem jest 6-merkapto-1-heksanol, . Taka operacja zapewnia uformowanie się uporządkowanej warstwy, w której cząsteczki DNA oddziaływają z powierzchnią jedynie za pomocą wytworzonych wcześniej wiązań kowalencyjnych oraz zapewnia swobodne oddziaływanie łańcuchów aptamerowych z docelowymi molekułami.
Powinowactwo awidyna/streptawidyna – biotyna Sposób wiązania DNA do powierzchni za pomocą oddziaływań awidyny z biotyną polega na modyfikowaniu powierzchni elektrody pochodną awidyny bądź streptawidyny, a nici DNA biotyną, przyłączając ją kowalencyjnie. Biotyna wiąże się z bardzo wysokim powinowactwem z awidyną lub streptawidyną (Ka = 1015 M−1). Są one białkami tetrametrycznymi, zbudowane są z 4 podjenostek zawierających identyczne miejsca wiązania biotyny, co skutkuje uzyskiwaniem większych gęstości powierzchniowych DNA na tak zmodyfikowanej elektrodzie.