Produkcja W 2012 roku Amanita Design wydała autorską grę Botanicula, która została osadzona w fikcyjnym świecie roślin. Bezpośrednio po ukończeniu gry, rozpoczęły się prace nad kontynuacją serii Samorost. Grę opracował zespół złożony z sześciu osób. Twórcy czerpali inspiracje z filmów animowanych czeskich reżyserów, takich jak Karel Zeman, Jan Švankmajer, Jiří Barta czy Břetislav Pojar. Innym źródłem inspiracji były filmy rosyjskiego animatora Jurija Norsztejna. Podczas prac nad animacjami postaci ponownie użyto technologii Flash. Oprawa dźwiękowa została zaprojektowana jako „oszczędna”. Zdaniem założyciela firmy Jakuba Dvorskiego, cicha, wręcz niesłyszalna muzyka nie męczy gracza i nie odwraca jego uwagi od dźwięków ważnych dla fabuły. Twórcy starali się zaprojektować grę tak, aby gracz chciał do niej wracać także po ukończeniu głównej historii.