Pomimo degradacji naturalnego przebiegu z powodu wieloletnich, rozpoczętych prawdopodobnie jeszcze w XVIII wieku prac melioracyjnych, rzeka Mała zachowała w kilku miejscach stopniowo renaturyzujące się ekosystemy: bagna, rozlewiska, tereny wodno-błotne. Najcenniejsze występują w środkowej części doliny (8 – 12 km rzeki, gdzie planowana jest ochrona w postaci użytku ekologicznego), na obszarze Natura 2000 Łąki Soleckie (PLH140055) (5 – 8 km rzeki) oraz w Rozlewisku i podmokłej Wielkiej Łące pomiędzy wsią Solec i uzdrowiskiem Konstancin-Jeziorna (3 – 5 km rzeki).
W środkowej części doliny rzeki w grudniu 2024 powołany został użytek ekologiczny „Dolina Rzeki Małej”. Był to największy użytek ekologiczny w województwie mazowieckim. Użytek obejmuje cenne przyrodniczo i krajobrazowo tereny wodno-błotne położone wzdłuż rzeki Małej. Na terenie użytku występuje szereg cennych gatunków roślin i zwierząt w tym: goździk pyszny, listeria jajowata czy storczyki z rodzaju Kukułka ssp. Na przedmiotowym terenie występują cenne siedliska przyrodnicze 91EO niżowy łęg jesionowo-olszowy. Ponadto występują murawy zalewowe i szuwary jako roślinność towarzysząca łęgom.