Wykorzystanie grupy ochronnej w toku syntezy dodaje przynajmniej dwa dodatkowe etapy do zaplanowanego ciągu syntetycznego – etap protekcji (zabezpieczania), w którym wybrane ugrupowanie jest dołączane do danej grupy funkcyjnej związku, blokując możliwość ulegania dalszym reakcjom, oraz etap deprotekcji (odbezpieczania), w którym grupa ochronna jest usuwana, przywracając daną grupę funkcyjną do pierwotnej postaci.
Rodzaje grup ochronnych Grupy stosowane do protekcji alkoholi i fenoli Najpopularniejsze metody zabezpieczania grup hydroksylowych wykorzystują ich przekształcenie w etery, acetale, ketale bądź estry. mały|470px|Struktury wybranych grup ochronnych stosowanych do protekcji alkoholi Wybrane przykłady grup ochronnych alkoholi:
Etery
eter metylowy () – jego stosowanie ogranicza się do ochrony grup fenolowych (Ar); może zostać utworzony w wyniku np. reakcji Williamsona; do deprotekcji wymagane są stosunkowo drastyczne warunki, m.in. działanie , , lub silnymi kwasami protonowymi, np. HBr lub , eter benzylowy () – usuwany w wyniku hydrogenacji, eter trytylowy (, Tr) oraz jego pochodne, np. dimetoksytrytylowy (DMT) – usuwany za pomocą kwasu;