W październiku 1988 roku został pierwszym zastępcą prezesa PZM. 1 lipca 1989 roku zastąpił Romana Pijanowskiego na stanowisku prezesa związku. Jako prezes PZM w 1992 roku utworzył spółkę PZM Holding, zajmującą się m.in. rzeczoznawstwem i pomocą drogową. Powołał także Ekstraligę Żużlową. Ponadto był inicjatorem przeniesienia w 2005 roku Rajdu Polski do bazy w Mikołajkach, co zaowocowało później wcieleniem rajdu do kalendarza rajdowych mistrzostw świata. 9 września 2017 roku zrezygnował z funkcji prezesa związku PZM i objął funkcję prezesa honorowego. Następcą Witkowskiego został Michał Sikora.
W latach 1996–2013 był przewodniczącym rady nadzorczej Kredyt Banku, a w 2007 roku został delegowany do czasowego wykonywania czynności członka zarządu banku. Był ponadto prezesem TUiR Warta. Pełnił także funkcję przewodniczącego rad nadzorczych w Vienna Insurance Group, PTE Polsat, Texaco Marketing Poland i TU Atu.