Fundusz dzielił się na terenowy i centralny. Fundusz centralny był tworzony z 20% dochodów Funduszu, którym dysponował Minister Rolnictwa i Gospodarki Żywnościowej. Środkami funduszu terenowego dysponował wojewoda.
Przeznaczenie środków funduszu w 1995 r. Środki funduszu przeznaczane były na ochronę, rekultywację i poprawę jakości gruntów rolnych oraz na wypłatę odszkodowań przewidzianych ustawą a w szczególności na: rekultywację na cele rolnicze gruntów, które utraciły wartość użytkową wskutek działalności nieustalonych osób; rolnicze zagospodarowanie gruntów zrekultywowanych; użyźnienie gleb o niskiej wartości produkcyjnej, ulepszenie rzeźby terenu i struktury przestrzennej gleb.
Nowelizacja zadań funduszu w 2009 r. Ustawą z 2009 r. – przepisy wprowadzające ustawę o finansach publicznych – wprowadzono zmiany budżetu województw, określające, że dochodami budżetu województwa związanymi z wyłączaniem z produkcji gruntów rolnych były pobierane na podstawie ustawy: Ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r.