Od 1567 pełnił funkcję biskupa kujawskiego. Był współpracownikiem biskupa Stanisława Kardynała Hozjusza w czasie działań podjętych przez niego w ramach kontrreformacji będących odpowiedzią na reformację w Polsce. Był sygnatariuszem aktu unii lubelskiej 1569 rokuVolumina Legum, t. II, Petersburg 1859. s. 87.. Sędzia sejmowy w 1569 rokuKrzysztof Chłapowski, Realizacja reform egzekucji dóbr 1563-1665. Sprawa zastawów królewszczyzn małopolskich, Warszawa 1984, s. 29.. Jako pierwszy biskup polski, wypełniając zalecenia Świętego Soboru Trydenckiego, założył w 1569 pierwsze w Rzeczypospolitej seminarium duchowne we Włocławku. Energicznie zwalczał wpływy protestantów w swojej diecezji (m.in. usunął z Wolborza Andrzeja Frycza Modrzewskiego). Szczególnie bezwzględnie wystąpił przeciwko luterańskiemu Gdańskowi. Stał się wówczas nieformalnym przywódcą obozu Kontrreformacji w Rzeczypospolitej. W 1570 opracował plan walki Kościoła Katolickiego z różnowiercami, przewidujący w ostateczności rzucenie klątwy papieskiej na króla. 24 września 1568 stanął na czele komisji sejmowej do spraw uregulowania statusu Gdańska (tzw. komisji KarnkowskiegoStanisław Bodniak, Polska a Bałtyk za ostatniego Jagiellona, Pamiętnik Biblioteki Kórnickiej, 1939-1946, t. 3, s. 117-118), owocem prac której było wydanie tzw.