Imperium Perskie W VI wieku p.n.e. Cyrus II Wielki przyłączył Baktrię do swego imperium jako satrapię. Wymieniana jest w inskrypcji z Behistun jako kraj podległy Dariuszowi I. Persowie przesiedlili do Baktrii greckich wygnańców z Cyrenajki, a także niektórych greckich jeńców z obszarów Azji Mniejszej. Dla armii królów perskich Baktria stanowiła źródło uznanej w starożytności jazdy.
Podbój przez Aleksandra Macedońskiego
W latach 20. IV w. p.n.e., podczas podboju imperium perskiego przez Aleksandra Macedońskiego, satrapa Baktrii Bessos ogłosił się królem podległych sobie obszarów, został jednak zdradzony i Baktria poddała się Macedończykom. Później w prowincji wybuchł bunt satrapy Sogdiany – Spitamenesa, stłumiony po długich walkach, co zakończyło się włączeniem Baktrii do imperium Aleksandra. To tutaj macedoński władca poślubił Roksanę, córkę miejscowego arystokraty Oxyartesa. Przed dalszą wyprawą do Indii pozostawił w Baktrii liczne siły okupacyjne złożone z greckich najemników i macedońskich weteranów. Po śmierci Aleksandra w 323 p.n.e. greccy żołnierze zbuntowali się i próbowali wrócić do ojczyzny. Perdikkas wysłał Pejtona, który krwawo stłumił bunt najemników.