228 , czyli już za panowania polskich władz, został zburzony na fali walki z niemieckim „Copernikuscultem”, polegającym na niszczeniu wszystkiego, co kojarzyło wybitnego astronoma z pochodzeniem niemieckim oraz jego honorowaniem przez naród niemiecki. I tak wyburzono nie tylko pomnik Kopernika, ale i kilka innych fromborskich budowli z „rasowej” czerwonej cegły, jak gmach tzw. wikarówki oraz kanonię z XVIII wieku. W to miejsce utworzone zostało polskie Muzeum Mikołaja Kopernia na Wzgórzu KatedralnymMuzeum Kopernika powstaje we Fromborku, Głos Wybrzeża : pismo Polskiej Partii Robotniczej, 1948.08.28 nr 237, s. 7.
Zdobiące pomnik brązowe płaskorzeźby, przedstawiające popiersie Kopernika z konwalią oraz krąg zodiakalny (na zdjęciach) przekazane zostały fromborskiemu oddziałowi Polskiego Towarzystwa Miłośników Astronomii. Pozostawiono tylko boniowany cokół z ostrołukowym wejściem od strony północnej, który został również rozebrany w roku 1972, a fundamenty zostały przykryte ziemiąTadeusz Piaskowski, Henryk Szkop Zabytki Fromborka, Frombork 2003, s. 101.