Gospodarkę Funduszem prowadzono na podstawie rocznych planów tego Funduszu, uchwalanych przez Sejm. Projekty rocznych planów Funduszu przedstawiała do uchwalenia Sejmowi Rada Ministrów wraz z projektem budżetu Państwa. Rada Ministrów przedstawiała Sejmowi corocznie sprawozdanie z gospodarki środkami Funduszu wraz z rocznym sprawozdaniem z wykonania budżetu Państwa.
Dochody Funduszu Dochodami Funduszu były:
dotacje z budżetu centralnego, wpłaty przedsiębiorstw państwowych, przedsiębiorstw mieszanych, wpłaty spółek handlowych, w których Skarb Państwa albo jednostki gospodarki uspołecznionej posiadają udział wynoszący ponad 50% kapitału zakładowego, inne wpływy określane w odrębnych przepisach.
Podział środków Funduszu Środki Funduszu dzieliły się na:
Centralny Fundusz Prac Badawczych i Rozwojowych, Centralny Fundusz Wspomagania Wdrożeń.
Podziału środków Funduszu dokonywała corocznie Rada Ministrów na wniosek Komitetu do Spraw Nauki i Postępu Technicznego przy Radzie Ministrów.