Następnie poświęcił się pracy misjonarskiej – początkowo w misji duksztańskiej założonej przez Józefa Rudominę, rektora kolegium jezuickiego w Mińsku białoruskim. Być może od 1736 przebywał w Missio Plateriana w Krasławiu i Indrycy. Ta początkowo skromna misja, działająca od 1676, bardzo się rozwinęła, gdy Krasław stał się własnością starosty dyneburskiego Jana Ludwika Platera, dzięki hojnej donacji jego żony. Z tego okresu pochodzi pierwszy utwór literacki ks. Baki – , panegiryk stanowiący wyraz wdzięczności dla darczyńcy. Odtąd działalność literacka Baki wiązała się bardzo ściśle z jego działalnością misjonarską – jego twórczość miała charakter praktyczny, służyła dobru prowadzonych przez niego misji i rozkrzewianiu wiary w ogóle.

Gdy przełożeni ulokowali go w miejscowości Błoń w powiecie ihumeńskim, nakłonił ojca, by oddał mu rodzinne dobra Śliżyn i Januszewice – dobra te natychmiast w 1739 sprzedał, by założyć w BłoniuBłoń, Radzima.org. k. Bliżyna placówkę misyjną nazwaną Missio BakanaKościół jezuitów w Błoniu fundacji ks. Józefa Baki. Obraz z XIX wieku z książki A. Kułagina 'Katolickie świątynie na Białorusi'.. Placówka ta posiadała własny budynek, fundusz i około pięciu misjonarzy. Ks. Baka był jej superiorem w latach 1741–1757 i rzadko ją opuszczał.