W styczniu 1929 uznana za zabytek kultury (decyzją Konserwatora Województwa Białostockiego z dn. 24 stycznia 1929). W latach 1781–1936 podlegała kilkukrotnym remontom, głównie dachu i aron ha-kodesza. Naprawy synagogi na przestrzeni lat nie ingerowały znacząco w oryginalną koncepcję architektoniczną. W latach 20. XX w. odrestaurowano aron ha-kodesz. Remont budynku został przeprowadzony w 1936. Po 1939 synagoga popadła w ruinę, brakowało części detali. Synagoga spłonęła podczas bombardowania Wołpy przez Luftwaffe w czerwcu 1941(według innych źródeł w listopadzie 1942). Na miejscu synagogi w 1961 utworzono plac pamięci i postawiono pomnik upamiętniający poległych rodaków-żołnierzy Armii Czerwonej, nie wspomniano jednak o synagodze i Żydach, którzy zostali całkowicie wyeliminowani z Wołpy do jej wyzwolenia 14 lipca 1944 roku – wszyscy żydowscy mieszkańcy zostali zamordowani lub wywiezieni z miasteczka. Po społeczności żydowskiej z Wołpy pozostał zaniedbany kirkut.