Od 2001 pracuje jako trener w AZS-AWF Wrocław, od 2008 także jako trener w reprezentacji Polski, gdzie początkowo prowadził razem z Janem Widerą młodzieżową kadrę w biegu na 400 metrów przez płotkiDolnośląski Związek Lekkiej Atletyki. Trenerzy i instruktorzy.Andrzej Lasocki 100 lat polskiej lekkiej atletyki, Tom III, wyd. Warszawa 2021, s. 169.. Jego zawodnikami byli lub są m.in. jego późniejsza żona Marta Chrust-Rożej, Rafał OmelkoMarek Rożej – trener dodający chyżości w nogach., Anita Hennig, Jakub Krzewina, Joanna Linkiewicz, Natalia Kaczmarek. Jego największym sukcesem trenerskim jest złoty medal sztafety mieszanej 4 × 400 metrów podczas letnich igrzysk olimpijskich w Tokio (2021). Odpowiadał za męską część tej sztafety (kobiecą prowadził Aleksander Matusiński).
Został trenerem roku 2021 i 2024 na Dolnym Śląsku w Plebiscycie Gazety WrocławskiejMarek Rożej: Natalia Kaczmarek ma potencjał na zdobywanie indywidualnych medali największych imprez.Lucyna Kornobys i Marek Rożej najlepsi w 72. Plebiscycie na Sportowca i Trenera Roku!