Za sprawą niechętnej prawosławnym polityki władz tureckich w Bośni mnisi kilkakrotnie porzucali monaster, a następnie odbudowywali go. Po raz pierwszy do takiej sytuacji doszło w końcu XVII w., gdy wspólnota przeniosła się do monasteru Hodoș i tam pozostawała do 1714 r. W latach 1738–1747 r. mieszkańcy monasteru Gomionica byli zmuszeni przenieść się do monasteru Pakra w Slawonii. W 1804 r. monaster uległ całkowitemu zniszczeniu podczas pożaru i został odbudowany w r. 1811. W latach 1861–1865 był remontowany, natomiast w 1868 r. na jego terenie zbudowano drewnianą dzwonnicę.

9 grudnia 1941 r. monaster został uszkodzony podczas niemieckiego bombardowania. W tym samym roku z rąk ustaszy zginął jego przełożony, ihumen Serafin (Štrkić). Monaster przestał funkcjonować i dopiero w 1953 r. został ponownie otwarty jako wspólnota żeńska. W latach 1994–1997 klasztor był remontowany i w 1998 r. został powtórnie poświęcony. Na początku XXI w. przebywało w nim dwanaście mniszek i posłusznic.

Cerkiew monasterska jest budowlą jednonawową, w 1870 r.