W 1980 nastąpiło połączenie Biura Oddziału PTTK z Głuchołazami, a następnie z Paczkowem w Międzyoddziałowe Biuro ORT PTTK. W 1990 M-BORT PTTK uległ likwidacji i tym samym zaprzestano działalności gospodarczej. 26 lipca 1991 Oddział PTTK w Prudniku uzyskał osobowość prawną w Sądzie Wojewódzkim w Opolu przez wpisanie do rejestru stowarzyszeń. Decyzją ZG PTTK zlikwidowano Zarządy Wojewódzkie PTTK. 22 listopada 1990 powołano Regionalny Ośrodek Programowy PTTK Śląska Opolskiego w Opolu, a na przewodniczącą Rady Programowej ROP-u w województwie opolskim wybrano prezes prudnickiego Oddziału PTTK – Elżbietę Zagłoba-Zygler.
Pod koniec lat 90. XX wieku rozpoczęła działalność Sekcja Kolarska, organizująca wycieczki rowerowe na terenie Polski i Czech. W dniu 31 grudnia 2003 do Oddziału PTTK w Prudniku należały 243 osoby. W marcu 2004 w Muzeum Ziemi Prudnickiej zorganizowano wystawę „50 lat PTTK na Ziemi Prudnickiej”, którą odwiedziło ponad 2000 osób.
1 lipca 2024 biuro turystów i krajoznawców oddziału zostało przeniesione z ul.