Prototypem Syna Godzilla był projekt . Akcja miała się dziać na Wyspach Japońskich, a Godzilla i jego niewiele mniejszy potomek, niebieskoskóry Godzilla Junior wspólnie mieli siać zniszczenie. W przeciwieństwie do późniejszych łagodnych wersji syna Godzilii, Godzilla Junior miał stanowić zagrożenie jak jego ojciec. Urządzenie do kontroli pogody, pojawiające się w gotowym filmie, miało za zadanie zatrzymać Godzillę.
W dalszej fazie scenariuszowej, zdecydowano by syn Godzilli był łagodniejszy i nabrał kształtów ludzkiego dziecka. Grupą docelową miały być młode pary, które w tamtym czasie były znaczącą grupą odbiorców w japońskich kinach, a wedle Tanaki dziewczynom spodobałby się uroczy dziecięcy potwór.
Casting Fukuda zdecydował się zatrudnić Tadao Takashimę, na przekór jego karierze aktora komediowego, w roli poważnego profesora Kusumiego. 37-letni Takashima został ucharakteryzowany na znacznie starszego niż w rzeczywistości. W roli Saeko zagrała początkująca aktorka Bibari Maeda, dla której była to czwarta rola filmowa. W rolach drugoplanowych wystąpili etatowi aktorzy filmów kaijū, m.in. Akihiko Hirata, Yoshio Tsuchiya, Kenji Sahara.