Najbardziej niezwykłą cechą wnętrza jest jego wiejski charakter, ponieważ przypomina ono zarówno strukturą, jak i dekoracją wiejskie domy lub wiejską architekturę Kraju Basków. W budowli uderza kontrast między surowymi murami zewnętrznymi a wyrafinowaną siecią belek dębowych, utrzymujących dach od wewnątrz. Belki te dekorowane są wzorami geometrycznymi, nawiązującymi do ludowych dekoracji argizaiolas – deseczek, na których zapala się świeczkę dla zmarłego.
Rzeźby We wnętrzu znajdują się cenne rzeźby: Virgen Santa María (gotycka, wykonana z jednego bloku drewna), Ukrzyżowanie (gotycka, do 1975 centralny element ołtarza), Pietà (renesansowa, pochodząca z pustelni Nuestra Señora de Zufiaurre, jedno z najstarszych przedstawień Piety w prowincji Gipuzkoa), św. Anny. Obok pustelni znajduje się także Calvario de Santa María (trzy krzyże, będące wcześniej jedną ze stacji drogi krzyżowej).