Wydalono go z zakonu ., czego jednak nie uczynił zostając tym samym definitywnie usuniętym z zakonu jezuitów.
Inkardynacja do diecezji koperskiej W dniu 26 października 2023 r. na swoją osobistą prośbę został przez biskupa Jurija Bizjaka przyjęty (inkardynowany) do słoweńskiej diecezji koperskiej.
Likwidacja Wspólnoty Loyola Dnia 15 grudnia 2023 r. watykańska Dykasteria ds. Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego, wydała dekret nakazujący likwidację żeńskiego zgromadzenia zakonnego Wspólnota Loyola, której współzałożycielem był ks. Rupnik. Dokument ten jest efektem wizytacji zleconej przez arcybiskupa Stanislava Zore OFM z Lublany jeszcze w 2019 r., z okazji 25. rocznicy zatwierdzenia konstytucji wspólnoty. Według oświadczenia archidiecezji Lublany o wynikach wizytacji, w tym stwierdzonych nieprawidłowościach, watykańska dykasteria została poinformowana w lutym 2020 r. Następnie w 2022 r. odbyła się jeszcze jedna wizytacja w zgromadzeniu, którą przeprowadził biskup Daniele Libanori. Również i ona wykazała szereg nieprawidłowości w działaniu wspólnoty, w której dalej posługiwał jako kapłan jej współzałożyciel. Wspólnota Loyola ma zostać zlikwidowana najpóźniej do roku od wystosowania pisma.