Sytuacja starokatolików radykalnie się zmieniła po przyłączeniu części Górnego Śląska do Polski w 1922 roku. W lipcu 1938 roku wojewoda śląski Michał Grażyński przekazał parafii Mariackiej dotychczasową świątynię starokatolików. Nadano jej tytuł Przemienienia Pańskiego, a 15 marca 1940 roku powołano kurację. Pierwszym kuratusem, a później proboszczem parafii Przemienienia Pańskiego został ks. Henryk Proksch.
Kościół Przemienienia Pańskiego w styczniu 1945 roku został dotkliwie uszkodzony przez bombę lotniczą, dlatego też zaczęto odprawiać liturgię w gmachu Filharmonii Śląskiej. Nieużywana świątynia z biegiem czasu niszczała, a kolejne petycje w sprawie remontu bądź rozbudowy kościoła kierowane w latach 1953–1960 do Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Katowicach były odrzucane bez uzasadnienia.
Remont kościoła przeprowadzono dopiero w 1960 roku z inicjatywy ks. Zygmunta Bauera, wykorzystując do celów liturgicznych barak nieopodal świątyni. 6 sierpnia 1973 roku, w święto Przemienienia Pańskiego biskup katowicki Herbert Bednorz poinformował parafian o zezwoleniu władz państwowych na rozbudowę kościoła. Zezwolenie to otrzymano 16 września i od razu przystąpiono do prac przygotowawczych, a w rozbudowę zaangażowano także parafian