21 grudnia 1634 roku Gorajski w wydanym przywileju potwierdził nadane prawa.
Rozwój społeczności żydowskiej miasta zahamowały rzezie z okresu powstania Chmielnickiego w latach 1648–1649. W 1660 roku w Biłgoraju zamieszkiwało jedynie dwunastu Żydów. W 1674 roku było ich czterdziestu na 237 mieszkańców Biłgoraja. Mała liczba żydowskich mieszkańców, spowodowała opóźnienie w powstaniu gminy. Biłgorajska gmina nie posiadała ponadto pełnych uprawnień i została podporządkowana kahałowi nadrzędnemu w Szczebrzeszynie. Zmienił to dopiero przywilej nadany 15 lutego 1694 roku przez właściciela miasta Stanisława Antoniego Szczukę.
W 1741 roku jurysdykcji gminy żydowskiej w Biłgoraju zostali podporządkowani Żydzi z Frampola i Radzięcina. Decyzję tę wydał właściciel obu miejscowości Józef Butler.
W XVII i XVIII wieku większość żydowskich mieszkańców Biłgoraja zajmowała się handlem. Zbigniew Gorajski, ze względu na zwyczaje religijne, w 1611 roku przeniósł dzień targowy z soboty na czwartek. W 1778 roku na 68 kamienic przy Rynku – 56 należało do Żydów. Posiadali oni również domy na ul. Tarnogrodzkiej, Cerkiewnej i Nadstawnej (przy której stała łaźnia, szkoła i synagoga). Działalność kupców żydowskich budziła sprzeciwy rzemieślników chrześcijańskich.