W 1996 roku, z powodu cięć w finansowaniu przez rząd federalny, NFB został zmuszony do restrukturyzacji i podjął decyzję o likwidacji Studia D (wraz ze Studiem One i odpowiednikiem Studia D w Quebecu, Regards de femmes).

Kino rdzennych mieszkańców mały|Alanis Obomsawin, przedstawicielka kina rdzennych mieszkańców Kanady i zarazem kina kobiecego Również ludność tubylcza uzyskała dostęp do sprzętu NFB, dzięki czemu wywodzący się z niej artyści mogli produkować własne filmy: Gil Cardinal (Foster Child, 1987), Alanis Obomsawin (Kanehsatake: 270 Years of Resistance, 1993) czy Zacharias Kunuk (Atanarjuat, biegacz, 2001).

W 2011 roku NFB, będący właścicielem największej na świecie kolekcji filmów eskimoskich, wydał przełomową kompilację Unikkausivut: Sharing Our Stories.