Są to: Wydział Teologiczny: Instytut Nauk Teologicznych: teologia (teologia ogólna, nauczycielsko-katechetyczna, misjologia, coaching i mediacje społeczne, turystyka krajów biblijnych), religioznawstwo Instytut Edukacji Medialnej i Dziennikarstwa: dziennikarstwo i komunikacja społeczna, teologia (edukacja medialna i dziennikarstwo) Wydział Prawa Kanonicznego: prawo kanoniczne Wydział Filozofii Chrześcijańskiej: Instytut Filozofii: filozofia, philosophy and culture of East-Central Europe Instytut Psychologii: psychologia Centrum Ekologii i Ekofilozofii: ochrona środowiska, sustainability studies Wydział Nauk Historycznych: Instytut Archeologii: archeologia, zarządzanie dziedzictwem kulturowym Instytut Historii Sztuki: historia sztuki, ochrona dóbr kultury i środowiska Instytut Historii: historia, historia (historia cywilizacji śródziemnomorskiej)
Wydział Społeczno-Ekonomiczny:
Instytut Nauk o Polityce i Administracji: politologia, europeistyka, bezpieczeństwo wewnętrzne Instytut Socjologii: socjologia, praca socjalna Instytut Ekonomii i Finansów: ekonomia