Już 20 grudnia tego roku kapituła wyraziła zgodę na jego wyjazd na studia do Collegium Germanicum w Rzymie. Dochody otrzymywane z kanonii były zatem dla niego rodzajem stypendium umożliwiającym studia zagraniczne. W 1600 powrócił w rodzinne strony i mimo młodego wieku został wybrany kanclerzem kapituły warmińskiej. Po opanowaniu Fromborka przez Szwedów w czasie wojny polsko-szwedzkiej 1626–1629 wyjechał ponownie do Rzymu. Tam 15 grudnia 1529 spisał swój testament, potwierdzony urzędowo 29 kwietnia 1631 roku. W testamencie cały swój majątek zapisał na fundację stypendialną Collegium Varmiense. Jan Preuck wracając na Warmię zachorował i zatrzymał się w klasztorze w Oliwie. Tam zmarł 16 września 1631 roku i tam został pochowany. Po śmierci Jana Preucka jego dwie siostry wystąpiły do kapituły warmińskiej z pismem o wydanie im spadku po bracie. Kapituła jednak ich roszczenia oddaliła, wykonując wolę zmarłego.