Ryjówka zwieńczona zalicza się do ryjówkowatych (Soricidae) – rodziny dzielonej na 3 podrodziny: ryjówki (Soricinae), zębiełki (Crocidurinae) oraz myszoryjki (Myosoricinae). Podrodzina Soricinae dzieli się dalej na sześć plemion, wśród których wymienia się krecikówki (Anourosoricini), blarynki (Blarinellini), blariny (Blarinini), wodoryjki (Nectogalini), sorki (Notiosoricini) i ryjówki (Soricini). To ostatnie plemię obejmuje pojedynczy rodzaj Sorex, czyli ryjówkę, zasobny w 86 gatunków. Gatunki te dzieli się na dwie grupy tworzące odrębne podrodzaje Sorex (Sorex) i Sorex (otisorex), pozostawiając niektóre gatunki niezaliczone do żadnego. W obrębie licznego w gatunki podrodzaju Sorex (Sorex) wyróżnia się grupy bliżej spokrewnionych ze sobą gatunków. Przeprowadzone badania genetyczne uwzględniające nDNA i mtDNA wskazują na przynależność ryjówki zwieńczonej do grupy gatunkowej ryjówki aksamitnej, araneus group. Grupa ta obejmuje także ryjówkę aksamitną, gatunek o szerokim zasięgu występowania tworzący rozmaite rasy o odmiennej genetyce, ryjówkę alpejską, iberyjską, syberyjską i kaukaską. Badania genetyczne potwierdziły odrębność ryjówki zwieńczonej.
Podgatunków nie wyróżnia się. W badaniach genetycznych nie wykryto żadnych ras genetycznych.