Dlatego z chwilą wkroczenia Niemców oraz po uruchomieniu nazistowskiej propagandy agresję skierowano w stronę samych Żydów. Takie instrukcje znalazły się też w pisemnym rozkazie z 2 lipca. W obu dokumentach pojawia się słowo „spurenlos”, czyli „bez pozostawiania śladów”. W trakcie działań przeciwko Sowietom na całym przygranicznym pasie, z inicjatywy Niemców, dochodziło do pogromów. Równolegle dochodziło do masowych egzekucji, które wykonywały oddziały SS Einsatzgruppen Ottona Rascha i Eberharda Schöngarta przy współudziale policji ukraińskiej.
Prof. Tomasz Szarota o roli Einsatzgruppen pisze tak: „Miały do wykonania dwa podstawowe zadania: pierwszym było oczyszczenie zaplecza, tyłów wojska z rzeczywistego i potencjalnego przeciwnika, drugim bądź udzielenie poparcia już wcześniej rozpoczętej przez miejscową ludność rozprawie z komunistami i Żydami czyli akcjom »samooczyszczającym« bądź zainicjowanie tych akcji i nadanie im »właściwego kierunku«”.
Pogromowe nastroje Dowódca Einsatzgruppe A SS-Brigadenführer Walter Stahlecker w raporcie z 15 października 1941 roku szczegółowo opisuje zagładę Żydów w państwach nadbałtyckich: