22 września w dzień Jom Kippur Niemcy wycofali się ze Szczuczyna, a sześć dni później do miasta wkroczyła oddziały Armii Czerwonej. Ludność żydowska Szczuczyna powitała wkraczających żołnierzy sowieckich jak wyzwolicieli. Następnego dnia rozpoczęły się pierwsze aresztowania wśród Polaków, a wkrótce później wywózki w głąb ZSRR. Wywózki obejmowały nie tylko Polaków, ale także Żydów. Ostatnia wywózka, która miała miejsce 20 czerwca 1941 roku objęła 29 rodzin żydowskich, co uratowało im życie.

Przebieg wydarzeń Zachowało się kilka relacji ocalałych z pogromu, którym udało się przeżyć cały okres okupacji niemieckiej. Relacje te pokrywają się z informacjami z akt ośmiu spraw karnych dotyczących tragicznych wydarzeń lata 1941 roku.

Niemcy wkroczyli do Szczuczyna 24 czerwca. Były to jednak oddziały frontowe, które nie zatrzymały się w miasteczku lecz ruszyły dalejPolscy mieszkańcy Szczuczyna zorganizowali tymczasową władzę i milicję. Burmistrzem został kowal Stanisław Pieniak, naczelnikiem straży obywatelskiej uwolniony z sowieckiego więzienia Marian Światłowski, ważną rolę w tymczasowych władzach odgrywał też były dyrektor miejscowej szkoły Jonkajtys.