Istnieje wiele hipotez dotyczących nagłego zniknięcia załogi statku. Najbardziej prawdopodobna jest taka, że załoga wyczuła opary alkoholu wydobywające się z beczek i z obawy przed eksplozją błyskawicznie opuściła statek i nie zdołała nań powrócić. Należy wspomnieć, że w owym czasie zdarzały się wypadki, iż transportowany na statku alkohol w wysokiej temperaturze wybuchał i możliwe, że stąd wzięła się tak paniczna reakcja załogi.
Obecni na pokładzie thumb|150px|Kapitan Benjamin Briggs
Załoga Imię i nazwiskoStopieńNarodowośćWiekBenjamin BriggsKapitanAmerykanin37Albert C. RichardsonOficerAmerykanin28Andrew GillingDrugi oficerDuńczyk25Edward W. HeadSteward i kucharzAmerykanin23Volkert LorensonMarynarzNiemiec29Arian MartensMarynarzNiemiec35Boy LorensonMarynarzNiemiec23Gottlieb GondeschallMarynarzNiemiec23
Pasażerowie Imię i nazwiskoStatusWiekSarah Elizabeth BriggsŻona kapitana30Sophia Matilda BriggsCórka kapitana2
Teorie fantastyczne thumb|left|250px|W takim stanie zastali Mary Celeste członkowie załogi statku Dei Gratia Wkrótce po odnalezieniu "Mary Celeste" pojawiła się teoria, że winien wszystkiemu był chory umysłowo kucharz, który otruł wszystkich członków załogi, po czym opuścił statek na jedynej szalupie ratunkowej i zapewne zginął.