Wcześniej, w 1950, doprowadził do otwarcia w Warszawie Prawosławnego Liceum Teologicznego, przekształconego przez metropolitę Makarego w seminarium duchowne.

Po 1956 arcybiskup Tymoteusz ponownie de facto zaczął zarządzać całym Kościołem z powodu podeszłego wieku i złego stanu zdrowia metropolity Makarego. W 1957 w Urzędzie ds. Wyznań w związku z powyższą sytuacją pojawiła się koncepcja odsunięcia metropolity Makarego i ponownego objęcia przez arcybiskupa Tymoteusza zadań locum tenens. Urząd opisywał Tymoteusza jako człowieka inteligentnego, taktownego, orientującego się w sytuacji i gotowego realizować polecenia władz nawet wtedy, gdy nie były dla niego korzystne (np. jak w sprawie obsady urzędu metropolity). W tym samym czasie Tymoteusz został zarejestrowany przez Wydział IV Departamentu XI KdSB jako „kontakt poufny” ps. Brodacz, jednak z powodu zniszczenia dokumentacji nie da się ustalić, jak mogła wyglądać jego współpraca ze służbami.