Francisco Maturana, a potem jego dawny asystent Hernán Darío Gómez, który, jako pierwszy w historii, wprowadził drużynę do Mundialu. Gómez złożył dymisję po nieudanych mistrzostwach Ameryki Południowej w 2004 roku i, mimo iż szefowie federacji długo nie chcieli się zgodzić na jego odejście, nowym trenerem kadry został jego asystent, Luis Fernando Suárez. Pod jego dowodzeniem Ekwadorczycy zajęli trzecie miejsce w grupie eliminacyjnej do Mundialu 2006 i po raz drugi z kolei awansowali do światowego czempionatu. Na mistrzostwach w rozgrywkach grupowych wyprzedzili Polskę i Kostarykę, a w drugiej rundzie minimalnie przegrali z Anglią. Na mundial rozgrywany w 2010 roku w RPA Ekwadorczycy nie awansowali, zajmując dopiero szóste miejsce tuż za reprezentacją Urugwaju. Udało im się to dopiero cztery lata później (zajęli czwartą lokatę). W rozgrywkach grupowych na brazylijskim czempionacie Ekwador grał w grupie E razem z Francją, Szwajcarią i Hondurasem.