Przy budowie tego kościoła prywatnego finansowania nie było – jednogłośnie uchwala przekazać ten kościół pod administrację i zarząd Wojsku Polskiemu na ręce Generalnego Dziekana wyz. rzymsko-kat. dla użytku garnizonu legionowskiego z dniem dzisiejszym”.
Proces przejęcia świątyni na potrzeby rzymskich katolików koordynował ks. Jan Mrugacz, kapelan 1. Warszawskiej Dywizji Piechoty z siedzibą w Legionowie, który funkcję rektora tego kościoła pełnił do przejścia na emeryturę w 1983. Po przejęciu od starokatolików obiekt uzyskał status kościoła garnizonowego podległego Generalnemu Dziekanatowi Wojska Polskiego. Jego poświęcenia dokonał 23 listopada 1947 generalny dziekan WP ks. płk Stanisław Warchałowski.
15 marca 1975 kardynał Stefan Wyszyński zezwolił cywilnym katolikom na korzystanie z duszpasterstwa w kościele garnizonowym.
Samodzielny ośrodek duszpasterski został erygowany w dniu 9 kwietnia 1983 roku. W kolejnym roku rozpoczęły się przygotowania i budowa nowego kościoła. Kamień węgielny, pochodzący z fundamentów klasztoru na Jasnej Górze, został poświęcony przez kardynała Józefa Glempa w październiku 1984 roku. Budowa świątyni zakończyła się w 1987 roku.