Mundial 1994 Marc Overmars wystąpił z reprezentacją Holandii na mistrzostwach świata 1994 w Stanach Zjednoczonych, na których Pomarańczowi dotarli do ćwierćfinału, w którym przegrali 2:3 z późniejszym triumfatorem tego turnieju – reprezentacją Brazylii, a Overmars dostał Nagrodę Najlepszego Młodego Zawodnika turnieju.
Mundial 1998 Marc Overmars z powodu kontuzji kolana nie wystąpił na mistrzostwach Europy 1996 w Anglii, jednak na mistrzostwach świata 1998 we Francji ponownie był podstawowym zawodnikiem Pomarańczowych, na których turniej zakończyli na 4. miejscu. Overmars nie mógł uznać tego turnieju do końca za udany, ponieważ w wygranym 2:1 meczu z reprezentacją Jugosławii w ramach 1/8 finału doznał kontuzji, która wywołała absencję w podstawowym składzie na mecz ćwierćfinałowy z reprezentacją Argentyny. Overmars wszedł na boisko z ławki rezerwowych i błyskawicznie przeprowadził fenomenalny cross, który dał gola jego drużynie i zarazem awans do półfinału po zwycięstwie 2:1. Następnie znów doznał urazu i nie mógł wystąpić w meczu półfinałowym przeciwko obrońcy tytułu – reprezentacji Brazylii, który zakończył się zwycięstwem Canarinhos po serii rzutów karnych (1:1, pd. 1:1, k. 4:2). W meczu o 3.