Od 15 kwietnia 1947 r. koordynację wszelkich prac związanych z odbudową stolicy prowadził Komisarz Odbudowy m. st. Warszawy w Ministerstwie OdbudowyDz. Urz. Min. Odb. z 1947 r. Nr 3, poz. 41.. Ponadto zgodnie z uchwałą Rady Ministrów z 17 października 1947 r. o wewnętrznej organizacji i trybie postępowania Naczelnej Rady Odbudowy m. st. Warszawy Minister Odbudowy stał się z urzędu Zastępcą Przewodniczącego Rady i Prezydium Rady, natomiast Komisarz Odbudowy m. st. Warszawy Zastępcą Przewodniczącego Komitetu Wykonawczego Rady..
Obok Warszawskiej Dyrekcji Odbudowy tego typu podległe ministrowi struktury funkcjonowały także na ziemiach zachodnich. W 1946 r. podstawy prawne działalności otrzymały: Gdańska Dyrekcja Odbudowy, Poznańska Dyrekcja Odbudowy, Wrocławska Dyrekcja Odbudowy oraz Szczecińska Dyrekcja Odbudowy.Dz. Urz. Min. Odb. z 1946 r. Nr 3, poz. 43.. Podstawowymi jednostkami terenowymi ministerstwa były wydziały odbudowy tworzone w urzędach wojewódzkich., z kolei za sprawy budownictwa wiejskiego odpowiadał w resorcie Naczelny Komisarz Odbudowy Wsi.