W 1982 roku FDP zawiązała koalicję z CDU. Kanclerzem został Helmut Kohl. W drugiej połowie lat 80. XX wieku partia utraciła część poparcia na rzecz nowej, skrajnie prawicowej partii Die Republikaner. CDU odzyskała jednak dawną popularność wraz z rokiem 1989 i upadkiem Muru Berlińskiego.
Polityka partii z lat 80. XX wieku ukierunkowana była na zjednoczenie Niemiec, co ostatecznie udało się zrealizować w 1990 r. W 1990 roku CDU połączyła się ze swoim wschodnioniemieckim odpowiednikiem o tej samej nazwie. Sukcesami partii były również działania na rzecz poprawy stosunków z sąsiadami, głównie z Francją oraz Polską (Kohl spotykał się m.in. z Mitterrandem i Mazowieckim). W 1990 roku miały miejsce wybory w zjednoczonych już Niemczech – Kohl ponownie został kanclerzem, jednak CDU utraciła wiele ze swojej popularności z powodu recesji gospodarczej w byłej NRD i wzrostu podatków na Zachodzie. Jednak Unia odniosła ponowne zwycięstwo w wyborach w 1994 roku.