Działalność Zajmuje się przede wszystkim promocją zrównoważonego transportu, czyli modelem rozwoju przestrzeni miejskiej i infrastruktury transportowej ogólnokrajowej, która umożliwia sprawne poruszanie się bez konieczności degradacji środowiska i przestrzeni. Przejawia się to w lobbowaniu na rzecz ścieżek rowerowych, respektowania praw pieszych oraz sprawnego systemu komunikacji miejskiej i kolejowej - m.in. poprzez zgłaszanie uwagi i wniosków do projektowanych inwestycji komunikacyjnych na różnych etapach ich przygotowania.
W przypadkach nieuwzględnienia wniosków złożonych w ramach konsultacji społecznych organizacja czasem korzysta z prawa odwołania w postępowaniu administracyjnym lub sądowym, co bywa postrzegane jako blokowanie inwestycji.
W przypadku niektórych inwestycji drogowych dążą do całkowitego usunięcia ich poza teren miasta Warszawy. Należą do nich autostrada A2 do Warszawy, Ekspresowa Obwodnica Warszawy oraz część wylotowych tras ekspresowych planowanych w ramach budowy Warszawskiego Węzła Drogowego.
Współpraca Zielone Mazowsze jest zrzeszone w sieci Miasta dla rowerów, działającej na rzecz rozwoju ruchu rowerowego w miastach, i Koalicji Klimatycznej.