W 1932 Jerzy Pajączkowski-Dydyński był autorem publikacji pt. Plany operacyjne mocarstw centralnych przeciw Rosji. Ponadto był recenzentem publikacji niemieckich autorów z zakresu wojskowości.
26 stycznia 1934 roku otrzymał przeniesienie do 6 pułku Strzelców Podhalańskich w Samborze na stanowisko dowódcy batalionu. 27 czerwca 1935 roku został awansowany na podpułkownika ze starszeństwem z dniem 1 stycznia 1935 roku i 14. lokatą w korpusie oficerów piechoty. 4 lipca 1935 roku został przeniesiony do 34 pułku piechoty w Białej Podlaskiej na stanowisko zastępcy dowódcy pułku. Od lipca 1936 roku ponownie pełnił służbę w Oddziale IV Sztabu Głównego w Warszawie na stanowisku szefa Wydziału Zaopatrywania i Ewakuacji. 1 września 1939 roku został przydzielony do Oddziału IV Sztabu Naczelnego Wodza na stanowisko zastępcy szefa oddziału-szefa wydziału zaopatrywania. 18 września 1939 roku w Kutach przekroczył granicę z Rumunią, gdzie został internowany.