Po opuszczeniu the Yardbirds w marcu 1965 roku, w kwietniu Clapton dołączył do John Mayall & the Bluesbreakers. Namiętna gra Claptona w nocnych klubach oraz na albumie Blues Breakers with Eric Clapton ustaliła jego pozycję gitarzysty bluesowego znanego na całym świecie. W tamtym czasie grał na gitarze 1960 Gibson Les Paul Standard i na wzmacniaczu Marshalla. Jego gra pobudziła szaleństwo graffiti – pojawiały się napisy „Clapton is God” („Clapton jest Bogiem”). Po raz pierwszy hasło to umieścił wielbiciel na ścianie stacji metra Islington w połowie lat 60.
Cream Clapton opuścił the Bluesbreakers w połowie roku 1966 (został zastąpiony przez Petera Greena) i stworzył zespół Cream, jedną z pierwszych supergrup na świecie określanych mianem "power trio". W jego skład weszli także Jack Bruce (z Manfred Mann, the Bluesbreakers oraz Graham Bond Organisation) oraz Ginger Baker (z Graham Bond Organisation). Clapton rozwijał się jako gitarzysta, piosenkarz i twórca tekstów, jednak to Bruce był głównym wokalistą i napisał większość tekstów wraz z Pete’em Brownem. Pierwszy występ Cream odbył się 29 lipca 1966 roku w kameralnej atmosferze lokalu Twisted Wheel w Manchesterze, natomiast pierwszy ważny koncert zagrali na Windsor Jazz and Blues Festival.