Historia przynależności rodzajowej gołonoga jest złożona. Co najmniej do 2021 był gatunkiem słabo poznanym i słabo reprezentowanym w zbiorach muzealnych. Rodzaj Margarobyas wyłoniono w 2008, wcześniej gołonoga umieszczano w Gymnoglaux. Kilka dekad przed gołonogiem opisano bosonoga (Gymnasio nudipes), występującą na Portoryko sowę, której cechą charakterystyczną również są nieopierzone nogi – jednak w mniejszym stopniu niż u gołonogów. Występowanie ich obydwu na Antylach, współdzielenie jednej z cech charakterystycznych oraz dostępność bardzo nielicznych okazów muzealnych w XIX wieku doprowadziły do powstania licznych synonimów i pomyłek. Hiszpański przyrodnik Juan Lembeye jako pierwszy natknął się na okaz gołonoga w kolekcji Gundlacha, lecz uznał go za bosonoga i w publikacji z 1850 przypisał do Noctua nudipes Daud. W późniejszych latach do problematycznych taksonów dołączyły bosonogi z Wysp Dziewiczych – początkowo opisane jako odrębny gatunek, potem przyłączone do G. nudipes. Współcześnie jest to populacja wymarła.