Arka we wszystkich swoich występach zdobyła dwa Puchary Polski, a dwa razy poległa w finale rozgrywek. W tabeli wszech czasów zajmuje dziewiąte miejsce.
Arka Gdynia w Pucharze Polski Arka Gdynia w Pucharze PolskiSezonRundaPrzeciwnikWynik 1954/55I run.ŁKS II Łódź – Arka Gdynia2:5II run.Arka Gdynia – Warmia Olsztyn5:21/16Arka Gdynia – Cracovia0:21961/62II run.Pogoń Prudnik – Arka Gdynia1:0 1962/63I run.Kadra Rembertów – Arka Gdynia0:2II run.Zagłębie Wałbrzych – Arka Gdynia1:0 1963/64I run.Płomień Koszalin – Arka Gdynia2:4II run.Mazur Ełk – Arka Gdynia0:1 dogr.1/16Arka Gdynia – ŁKS Łódź0:0, 2:4Dodatkowy mecz.1964/65II run.Granit Świdwin – Arka Gdynia3:2 1965/66II run.Gwardia Koszalin – Arka Gdynia2:41/16Arka Gdynia – ŁKS Łódź0:2 1966/67I run.Warmia II Olsztyn – Arka Gdynia1:21/16Arka Gdynia – ŁKS Łódź3:3 dogr., k.