Przedmiot ochrony Zespół przyrodniczo-krajobrazowy został powołany 29 kwietnia 1999 r. do ochrony doliny Potoku Oruńskiego wraz z przyległymi skarpami, dla zachowania unikatowego charakteru przyrodniczo-krajobrazowego doliny erozyjnej w strefie krawędziowej Wysoczyzny Gdańskiej, a zwłaszcza zachowania w niezmienionej formie jej elementów, takich jak: ciek, starasowane zbocza po dawnej uprawie rolniczej oraz specyficzna szata roślinna. Zespół miał wtedy powierzchnię 82,83 haUchwała Nr IX/321/99 Rady Miasta Gdańska z dnia 29 kwietnia 1999 r. w sprawie utworzenia zespołu przyrodniczo - krajobrazowego "Dolina Potoku Oruńskiego" w Gdańsku..
Od 2015 r. obowiązuje nowa uchwała w sprawie funkcjonowania zespołu przyrodniczo-krajobrazowego. Powiększyła ona obszar chroniony do 90 ha, za główny cel ochrony określa zachowanie walorów widokowo-estetycznych doliny. W odróżnieniu od poprzedniego aktu prawnego, obecna uchwała nie przewiduje likwidacji ogrodów działkowych leżących na obszarze zespołu.