Systematyka Rodzaj Euglena bywa w różnych systemach dzielony na kilka podrodzajów i sto kilkadziesiąt-kilkaset gatunków. W miarę rozwoju algologii, z rodzaju tego wydzielano kolejne rodzaje: np. Phacus, Lepocinclis, Astasia i Khawkinea. Dwa ostatnie rodzaje nie mają chloroplastów. Algolodzy często podkreślają ich podobieństwo do euglen pozbawionych chlorofilu w wyniku hodowli w ciemności, podania antybiotyków i innych zabiegów. Astasia nie ma plamki ocznej, chloroplastów, a Khawkinea nie ma chloroplastów, jednak pozostałe cechy są bardzo zbliżone, a u Astasia odkryto liczne geny odpowiedzialne za funkcjonowanie chloroplastów homologiczne z genami eugleny, co dowodzi, że jej przodkowie utracili chloroplasty. Część naukowców uważa, że różnice te wystarczają do utrzymywania odrębności tych trzech rodzajów. Inni systematycy na podstawie badań molekularnych proponują natomiast przebudowę systemu taksonomicznego euglenin. Według jednej z propozycji, aby uniknąć polifiletyzmu kilku rodzajów z rodziny Euglenaceae, należy do rodzaju Euglena ponownie włączyć rodzaje Phacus, Lepocinclis, Astasia i Khawkinea (przy czym szczegóły wymagałyby dalszych badań). Innym rozwiązaniem jest likwidacja rodzajów Astasia i Khawkinea, ale pozostawienie kilku innych monofiletycznych rodzajów o zmienionym składzie gatunkowym.