Po rozpoczęciu II wojny światowej, w październiku 1939 roku uzyskał zgodę Niemców na wznowienie działalności swojej szkoły, czyniąc ją jedyną funkcjonującą w okresie okupacji szkołą średnią w Zawierciu. W latach 1939–1940 angażował się w działalność charytatywną, prowadził tajne nauczanie, a w listopadzie 1939 roku współtworzył organizację konspiracyjną „Płomień”, zostając także jej kierownikiem i redaktorem naczelnym wydawanej przez nią gazetki. 1 września 1940 roku został aresztowany przez Gestapo. Źródła jako przyczynę aresztu podają bądź to przejęcie przez Gestapo jednej z ulotek „Płomienia” wzywających zawiercian do zaniechanie wyjścia 1 września na ulice, bądź to donos kobiet obrażonych na to, że Chrzanowski zwrócił im uwagę na zbyt głośne zachowane. Po aresztowaniu Chrzanowski był więziony w Zawierciu, Lublińcu i Opolu, a od 22 grudnia 1941 roku w Berlinie. Wyrokiem Trybunału Ludowego w Berlinie 6 stycznia 1942 roku został za zdradę stanu skazany na karę śmierci.