Uwięzienie 2 grudnia 1546 Thomas i starszy z jego synów, hrabia Surrey Henry zostali wtrąceni do Tower pod zarzutem zdrady. Surrey popadł w konflikt z Edwardem Seymourem, wujem następcy tronu Edwarda. W oczach Howardów rodzina Seymourów była mało znaczącym rodem. Dodatkowo syn Thomasa posługiwał się herbem Edwarda Wyznawcy, który to był zastrzeżony tylko i wyłącznie dla panującego monarchy. Howardowie, mimo wpływu na anulowanie małżeństwa Henryka VIII i Katarzyny Aragońskiej i rozłamu Anglii z kościołem katolickim, byli zwolennikami starych porządków w kwestiach religijnych, w przeciwieństwie do Seymourów, którzy popierali reformy. Tym razem książę nie zdołał uniknąć aresztowania, gdyż przeciwko niemu zeznała nawet jego córka, według której ojciec miał ją namawiać na romans z królem Henrykiem, który był jej byłym teściem. Żona Thomasa z racji wieloletniego konfliktu nie stanęła w obronie męża. Król niemalże na łożu śmierci zajmował się aktami sprawy, na podstawie których uznano księcia i hrabiego winnymi. 19 stycznia 1547 Henry został stracony. Termin egzekucji księcia wyznaczono na 29 stycznia 1547 jednak nigdy nie została wykonana z uwagi na śmierć króla Henryka VIII dzień wcześniej.