Wiosną 1939 kompania została podporządkowana pod względem wyszkolenia fachowego dowódcy 1 Grupy Łączności. Ze względu na szybki wybuch wojny dowództwo grupy nie odegrało powierzonej mu roli.
Zgodnie z uzupełnionym planem mobilizacyjnym „W” kompania łączności 16 DP była jednostką mobilizującą. Pod względem mobilizacji materiałowej była przydzielona do 65 pułku piechoty.
Dowódca kompanii był odpowiedzialny za przygotowanie całości mobilizacji jednostek wpisanych na tabelę mob. z wyjątkiem mobilizacji materiałowej, za którą był współodpowiedzialny razem z dowódcą 65 pułku piechoty.
Dowódca kompanii był ponadto odpowiedzialny za przeprowadzenie mobilizacji: kompanii telefonicznej 16 DP, plutonu łączności Kwatery Głównej 16 DP, plutonu radio 16 DP, drużyny parkowej łączności 16 DP, 2-gi gołębnika polowego samodzielnej drużyny gołębi pocztowych nr 11. Wszystkie jednostki były mobilizowane w Grudziądzu, w alarmie, w grupie jednostek oznaczonych kolorem niebieskim.