Gmina w Prudniku i Szybowicach była pierwszą gminą na Górnym Śląsku, której w okresie wojen śląskich pozwolono na odprawianie nabożeństw ewangelickich. W 1742 pierwszym pastorem miasta został Johann Albrecht Schüssler. Oprócz miasta, do parafii ewangelickiej w Prudniku weszły wsie: Łąka Prudnicka, Niemysłowice, Lubrza, Dytmarów, Krzyżkowice, Pomorzowice, Pomorzowiczki, Ściborzyce Małe, Olszynka, Słoków, Laskowice, Czyżowice i Mokra. Nabożeństwa odbywały się w sali modlitewnej na zamku w Prudniku, który został zniszczony podczas pożaru w 1806. mały|lewo|Klasztor kapucynów, przekazany ewangelikom w 1810 Następnie ewangelicy odprawiali nabożeństwa w kościele Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Prudniku, a następnie otrzymali drewniany kościół pogrzebowy na cmentarzu, który jednak spłonął. W 1810 prudnicka gmina ewangelicka przejęła zamknięty w tym roku przez króla Fryderyka Wilhelma II klasztor kapucynów.
Pod koniec XIX wieku dotychczasowy kościół pokapucyński okazał się za mały dla rosnącej społeczności ewangelickiej w Prudniku. Położenie kamienia węgielnego pod nowy kościół miało miejsce 3 lipca 1902. Poświęcenie kościoła odbyło się w 1904.