Dostarczony wraz z innymi projektami do pracowni witrażowniczej w Innsbrucku (Tiroler Glasmalerei und Mosaikanstalt) nie był on jednak wówczas przedmiotem zamówienia. Realizacja witraża przedłużała się m.in. ze względu na zmiany przełożonych zakonu franciszkanów. W 1900 franciszkanie wystąpili do pracowni witrażowniczej o zwrot szkicu. Ostatecznie zamówienie na witraż Bóg Ojciec złożono w 1902. W 1903 Wyspiański wykonał nowe szkice (wcześniejszy został uszkodzony), a w 1904 dokonał ostatecznego doboru szkieł (zgodnie z relacją prof. Juliana Pagaczewskiego Wyspiański dobierał szkła w sali Muzeum Narodowego w Sukiennicach). 21 października 1904 rozpoczął się montaż witraża w kościele.
Szkice witraża obecnie przechowywane są w Muzeum Narodowym w Krakowie.
Podczas II wojny światowej, w sierpniu 1944, witraże Bóg Ojciec, św. Franciszek oraz Bł. Salomea zostały zdemontowane i umieszczone w skrzyniach w klasztorze, dzięki czemu przetrwały wojnę bez większych uszkodzeń. W 1952 wszystkie trzy witraże zostały poddane pracom konserwatorskim i z powrotem zamontowane w kościele.
Ponowna konserwacja witraża Bóg Ojciec miała miejsce w latach 80. XX wieku.