tom (pozostałe 14 tomów napisali August Wilhelm Eichler (1839–1887) i Ignaz Urban (1848–1931) – ostatni został wydany w 1906 roku) 1842 – Die Kartoffelepidemie 1866 – Akademische Denkreden 1868 – Beiträge zur Ethnographie und Sprachenkunde Amerikas, zumal Brasiliens
Członkostwa członek korespondencyjny Rosyjskiej Akademii Nauk 1816 – członek Niemieckiej Akademii Przyrodników Leopoldina 1820 – członek Bawarskiej Akademii Nauk 1826 – członek korespondencyjny Francuskiej Akademii Nauk 1832–1864 – członek korespondencyjny Pruskiej Akademii Nauk 1838 – członek zagraniczny Royal Society 1845 – honorowy członek zagraniczny Amerykańskiej Akademii Sztuk i Nauk 1851 – członek Akademii Nauk w Getyndze 1864 – członek Pruskiej Akademii Nauk
Odznaczenia 1820 – Order Zasługi Korony Bawarskiej 1840 – Order Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny z Vila Viçosa 1853 – Bawarski Order Maksymiliana za Naukę i Sztukę
Upamiętnienie Na cześć von Martiusa nazwano wiele nowych gatunków roślin i zwierząt, m.in. Martiodendron Gleason (Caesalpiniaceae), Martiusella Pierre (Sapotaceae) i Martiusia Benth. (Caesalpiniaceae).